Fizika fakültəsinin əməkdaşlıq etdiyi elm mərkəzlərindən biri və ən əsası AMEA-nın Fizika İnstitutudur. Fizika İnstitutu Azərbaycanda fizika sahəsində findamental elmi tədqiqatların aparıldığı, tanınmış fiziklərin yetişdiyi, elmi nailiyyətləri ilə dünyada tanınan elm məbədidir. BDU-nun Fizika fakültəsi isə öz növbəsində həmin elm məbədi üçün gənc mütəxəssislərin yetişdiyi elm və təhsil mərkəzidir. Uzun illər Fizika İnstitutunun aparıcı elmi kadrları olmuş, elmi tədqiqatlara rəhbərlik etmiş, elmi məktəblər yaratmış, dünya elmində yaranmış yeni istiqamətlərin ölkəmizdə təşəkkül tapmasını təmin etmiş AMEA-nın həqiqi üzvləri Lətif İmanov, Maqsud Əliyev, Eldar Salayev, Bahadur Tağıyev, Firudin Həşimzadə kimi alimlər vaxtilə BDU-nun Fizika fakültəsinin məzunu olmuşlar. Bu gün də Fizika İnstitunda fakültəmizin məzunları aparıcı rol oynayırlar. Fizika İnstitutu ilə Fizika fakültəsinin əməkdaşlığı bir neçə istiqamətdə həyata keçirilir:
- Fizika İnstitutunun kadr ehtiyaclarının təmin olunması məqsədilə yüksək ixtisaslı fiziklərin yetişdirilməsi;
- Birgə elmi-tədqiqat işlərinin aparılması;
- Fakültə tələbələrinin Fizika İnstitunda istehsalat təcrübəsi keçməsi;
- Qarşılıqlı fəlsəfə doktoru və elmlər doktoru proqramları üzrə kadr hazırlığının həyata keçirilməsi;
- Fizika İnstitutu əməkdaşlarının Fizika fakültəsində təşkil olunan Yekun Dövlət Attestasiyası Komissiyalarının işinə cəlb olunması;
- Fizika İnstitutu əməkdaşlarının Fizika fakültəsindəki dissetasiya şurasının, fakültə əməkdaşlarının Fizika İnstitutundakı dissertasiya şuralarının fəaliyyətində iştirakı (üzv kimi, elmi rəhbər kimi, opponent kimi və s.);
- Fizika İnstitutu əməkdaşlarının fakültədəki tədris prosesinə cəlb olunması (əsasən, saathesabı müəllim kimi).
Uzun illər Fizika fakültəsində Yekun Dövlət Attestasiyasının sədri Fizika İnstitunun aparıcı elmi işçisi, f.r.e.d. Barxal Barxalov olmuşdur. Hazırda Fizika fakültəsində Yekun Dövlət Attestasiyası komissiyasının sədri “Fizika” ixtisası üzrə akademik Cavad Abdinov, “Fizika müıllimliyi” ixtisası üzrə AMEA-nın müxbir üzvü Səlimə Mehdiyevadır.
Cari ildə də Fizika fakültəsinin IV kurs Fz 151-ci qrupun tələbələri istehsalat təcrübəsini Fizika İnstitutunun laboratoriyalarında keçiblər. Təcrübə müddəti 30 mart-25 may 2022-ci il tarixini əhatə edib. Tələbələr istehsalat təcrübəsi zamanı “Qeyri-kristal yarımkeçiricilər fizikası”, “Almazabənzər və çoxkomponentli birləşmələrin optik və transport xassələri”, “Yüksək gərginliklərin fizikası və texnikası” (laboratoriyalarında aparılan elmi-tədqiqat işləri ilə tanış olub, elmi eksperimentlərin aparılmasında iştirak edib, bir sıra tədqiqatçı vərdişlərinə yiyələniblər.