Magistratura pilləsində isə 17 ixtisaslaşma üzrə kadr hazırlanır.
1.Nəzəri və riyazi fizika
2.Bərk cisimlər fizikası
3.Yarımkeçiricilər fizikası
4.İstilik fizikası və molekulyar fizika
5.Kvant elektronikası
6.Astrofizika
7.Atom və molekul fizikası
8.Bioloji sistemlər fizikası
9.Yarımkeçirici cihazlar və mikroelektronika
10.Nanohissəciklər fizikası
11.Bərk cisim elektronikası
12.Qaz boşalması və plazma elektronikası
13.Optoelektronika
14.Fizika fənninin tədrisi metodikası və metodologiyası
15.Yüksək enerjilər fizikası
16.Radiasiya materialşünaslığı
17.Atom və nüvə fizikası
17 ixtisas üzrə 121 nəfər magistratura (o cümlədən, Fziikanın tədrisi metodikası və metodologiyası ixtisası üzrə 7 nəfər) səviyyəsində təhsil alır.