Fizika fakültəsində magistratura hazırlığında əsas məqsəd elmi müəssisələr, ali və orta təhsil müəssisələri üçün pedaqoji kadrlar, həmçinin sənayenin müxtəlif sahələri üçün kadr hazırlığını təmin etməkdir. Magistratura ali peşə təhsilinin ikinci səviyyəsində təhsili davam etdirmək imkanıdır. Məzunlara dövlət diplomu və magistr akademik dərəcəsi verilir. Magistr hazırlığı elmi-tədqiqat fəaliyyətinə yönləndirilir. Magistr proqramları ali peşə təhsil sistemində müvafiq sahələr üzrə daha dərin peşə biliklərinin, bacarıq və vərdişlərin əldə edilməsini nəzərdə tutan və bir və ya bir neçə fəaliyyət (elmi-tədqiqat, elmi-pedaqoji) növləri üzrə hazırlığa istiqamətlənən ali təhsilin ikinci səviyyəsi üzrə təhsil proqramlarıdır. Magistraturada təhsil magistrantın biliklərə yiyələnmə prosesində fəal olmasını nəzərdə tutur. Qəbul imtahanlarını uğurla vermiş bakalavrlar magistraturaya qəbul olunurlar. Fakültədə 18 ixtisaslaşma üzrə magistr hazırlığı aparılır.