Magistratura səviyyəsində 2 ixtisas üzrə tədris aparılır: “İstilik və molekulyar fizika” və “Kvant elektronikası”.
“İstilik fizikası və molekulyar fizika” ixtisası üzrə tədris olunan fənlər:
Molekulyar birləşmələrin istilikkeçirməsi- əsas fənn
Molekulların quruluşu və molekulyar qüvvələrin təbiəti-- əsas fənn
Makromolekulların quruluşu və xassələri- əsas fənn
Çoxatomlu molekulların rəqs spektrinin nəzəriyyəsi və hesablama üsulu- əsas fənn
Molekulyar akustika- əsas fənn
Səth fizikası- əsas fənn
Makromolekul məhlulunun özlülük nəzəriyyəsinin əsasları- seçmə fənn
Molekulyar qüvvələrin kvant nəzəriyyəsi – seçmə fənn
Mürəkkəb molekulların nəzəri konformasiya təhlili üsulu- seçmə fənn
NMR və EPR üsulları ilə molekulun quruluşunun və xassələrinin öyrənilməsi- əsas fənn
“Kvant elektronikası” ixtisas üzrə tədris olunan fənlər:
Kvant elektronikası-əsas fənn
Qaz lazerləri- əsas fənn
Qeyri-xətti optika- əsas fənn