2 fevral 1924-ci il da Şabran rayonunun Qalagah kəndində ziyalı ailəsində anadan olub. Bakı şəhərində 176 saylı orta məktəbi bitirib. 1946-cı ildə Bakı Dövlət Universitetinin Fizika fakültəsinə daxil olub və 1951-ci ildə həmin fakültəni fizik, fizika müəllimi ixtisasları üzrə fərqlənmə diplomu ilə bitirib. 1951-ci ildə Moskva Dövlət Universitetinin əyani aspiranturasına daxil olub. 1957-ci ildə namizədlik dissertasiyasını müdafiə edərək fizika-riyaziyyat elmləri namizədi, 1975-ci ildə isə doktorluq dissertasiyasını müdafiə edərək fizika-riyaziyyat elmləri doktoru elmi dərəcəsini alıb. 1976-ci ildə professor elmi adını alıb.
Qafar Əfəndiyev əmək fəaliyyətinə Bakı Dövlət Universitetində başlayıb və burada assistent, dosent, professor, kafedra müdiri vəzifələrində çalışıb. 1966-1971-ci illərdə fizika fakültəsinin “Eksperimental fizika” kafedrasının müdiri olub. 1972-ci ildə “Elektronika“ kafedrasını yaradaraq 1992-ci ilə qədər həmin kafedraya rəhbərlik edib.
Qafar Əfəndiyev fiziki elektronika üzrə yüksək ixtisaslı tanınmış alim olub. Müasir fizikanın ən aktual problemləri sırasında xüsusi yer tutan plazma sahəsində məhsuldar və uğurlu elmi-tədqiqat işləri aparıb. Nəzərə alsaq ki, maddənin plazma halında saxlanılması, sintez reaksiyalarında böyük enerjinin əldə edilməsində bir problem olaraq qalmaqdadır, bu sahədə aparılan tədqiqatların nə qədər önəml olması aydın olur. Onun elmi - tədqiqat işləri plazmada dayanıqsızlıq hallarının, plazmada baş verən rəqsi hərəkətlərin, xarici maqnit sahəsinin plazmanın parametrlərinə təsirinin, plazmada yüklü zərrəciklərin enerjiyə görə paylanmasının öyrənmilməsinə, qaz boşalmasında plazmanın yaranmasına həsr edilib. Yerli və xarici elmi jurnallarda 200-ə yaxın məqalənin müəllifidir. Moskva, Sankt-Peterburq, Kiyev, Riqa, Daşkənd, Tbilisi, Bakı və s. şəhərlərdə keçirilmiş 22 elmi konfrans və simpoziumda məruzələri dinlənilib. Onun elmi nəticələri sovet-rus alimlərindən V.L. Qranovski, A.V. Nedospasov, E.İ.Asinovski və başqalarının plazma fizikasına aid fundamental monoqrafiyalarına daxil olub, Sovet İttifaqının və xarici ölkələrin tanınmış alimləri tərəfindən yüksək qiymətləndirilib və müəllifə böyük nüfuz qazandırıb.
Qafar Əfəndiyev Azərbaycanda plazma fizikası sahəsində elmi məktəb yaradıb. Gənc kadrların yetişməsində səylə iştirak edərək savadlı gənclərin keçmiş Sovet İttifaqının müxtəlif elm ocaqlarında elmi işlərinin davam etdirmələri üçün öz elmi əlaqələrindən istifadə edib. Onun elmi rəhbərliyi ilə 15 namizədlik və 1 doktorluq dissertasiyası müdafiə edilib. Dəfələrlə rəsmi opponent kimi keçmiş Sovet İttifaqının müxtəlif elmi müəssələrinə dəvət olunub. SSRİ Elmlər Akademiyasının plazma üzrə Elmi Şurasının, Bakı Dövlət Universitetinin və Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin müdafiə Şuralarının üzvü olub. Geniş miqyaslı elmi işlə yanaşı pedaqoji sahədə də uğurla çalışıb. BDU-nun Fizika fakültəsində pedaqoq kimi çalışdığı 43 il ərzində o, ümumi fizika kursu ilə yanaşı fizikanın müasir və perspektivli sahələri üzrə ixtisas kurslarından mühazirələr oxuyub. “Plazma xalq təsərrüfatında” adlı kitabnın müəllifidir. Ümumtəhsil məktəbləri və alı məktəblər üçün bir sıra dərslikləri rus dilindən Azərbaycan dilinə tərcümə edib.
Professor Qafar Əfəndiyevin elmi-pedaqoji fəaliyyəti dövlətimiz tərəfindən yüksək qiymətləndirilib. O, “Əməkdə fədakarlıq” medalı, “Ali məktəbdəki işdə fərqlənmə xidmətlərinə görə” medalı, SSRİ Ali Sovetinin “Əmək veteranı” medalı və bir neçə Fəxri fərmanla təltif olunub.
Qafar Əfəndiyev 2 noyabr 1997-ci ildə Bakı şəhərində vəfat edib.