21 yanvar 1933-cü ildə Qax rayonun Sarıbaş kəndində anadan olub. 1940-1950-ci ildə Qax rayon orta məktəbində oxuyub və orta məktəbi medalla bitirib. 1950-ci ildə BDU-nun Fizika fakültəsinə daxil olub və universitetdə Lenin təqaüdü ilə oxuyub. Onun 1955-ci ildə yerinə yetirdiyi “Elektronun spin hallarının tormozlanma şüalanmasına təsiri” adlı elmi tədqiqat işi SSRİ Ali Təhsil Nazirliyinin I mükafatına layiq görülüb. 1955-ci ildə Universiteti fərqlənmə diplomu ilə bitirib və fizika-riyaziyyat fakültəsində baş laborant vəzifəsinə işə qəbul olunub. İsmət Nəcəfov 1956-1959-cu illərdə Moskva Dövlət Universitetinin “Nəzəri fizika” ixtisası üzrə aspiranturasında təhsil alıb. 1959-cu ildə Moskva Dövlət Universitetinin fizika fakültəsində “Tormozlanma şüalanması və elektron-pozitron cütünün fotodoğulması proseslərində polyarizasiya effektləri” mövzusunda dissertasiya işini müdafiə edərək "Nəzəri fizika" ixtisası üzrə fizika-riyaziyyat elmləri namizədi elmi dərəcəsi alıb. Müdafiədən sonra respublikaya qayıdıb və elmi-pedaqoji fəaliiyətini BDU-nun Nəzəri fizika kafedrasında davam etdirib. O, 1975-ci ildə “Sərt fotonların iştirakı ilə yüksək enerjilərdə baş verən elektromaqnit prosesləri” mövzusunda dissertasiya işini müdafiə edərək "Nəzəri fizika" ixtisası üzrə fizika-riyaziyyat elmləri doktoru elmi dərəcəsini alıb.
İsmət Nəcəfov 1959-1963-ci illərdə baş müəllim, 1963-cü ildən ömrünün sonunadək isə BDU-nun Nəzəri fizika kafedrasının professoru vəzifəsində çalışıb. 1988-2004-cü illərdə Nəzəri fizika kafedrasına rəhbərlik edib. Azərbaycan Respublikası Prezidenti yanında AAK-ın D/N 054.03.07 İxtisaslaşdırılmış müdafiə Şurasına uzun müddət sədri olub. 1994-1997-ci illərdə AR Təhsil Nazirliyinin fizika üzrə Elmi-metodiki Şürasının sədri olub. AR Ali Attestasiya Komitəsində fizika üzrə Ekspert Şurasının, BDU-nun Böyük Elmi Şurasının və Fizika fakültəsinin elmi Şürasının üzvü olub.
Fizika elminin inikişaşafında və yüksək ixtisaslı kadrların yetişdirilməsində xidmətlərinə görə 2009-cu ildə İsmət Nəcəfov müstəqil respublikamızın Şöhrət ordeninə, Respublikanın əməkdar müəllimi fəxri adına, Təhsil Nazirliyinin və Universitetinin fəxri fərmanlarına, layiq görülüb. O, 2015-ci ildə AMEA-nın müxbir üzvü seçilib. İsmət Nəcəfov 2015-ci ildə fevralın 6-da vəfat edib.